Ustawa z dnia 21 listopada 1996 r. o muzeach, przewiduje działanie Rady Muzeum jako kolegialnego ciała nadzorującego i oceniającego. Rada Muzeum sprawuje nadzór nad wypełnianiem przez muzeum jego powinności wobec zbiorów i społeczeństwa, ocenia działalność muzeum oraz opiniuje przedłożony przez dyrektora roczny plan działalności. Kadencja członków Rady trwa 4 lata. Zarządzeniem nr 104/2019 Burmistrz Miasta i Gminy Nakło nad Notecią powołał Radę Muzeum w następującym składzie:
1. Roman Skiba – wskazany przez Burmistrza Miasta i Gminy Nakło nad Notecią
2. Barbara Jasińska – wskazana przez Lokalną Grupę Działania Stowarzyszenie Partnerstwo dla Krajny i Pałuk
3. Wawrzyniec Bogdan Przygoda – wskazany przez Towarzystwo Przyjaciół Nakła
4. Anna Kaszubowska – wskazana przez Dyrektora Muzeum Ziemi Krajeńskiej
5. Renata Momotiuk – wskazana przez Dyrektora Muzeum Ziemi Krajeńskiej
